No sabemos desde cuándo dispone el municipio de Ataun su propio archivo histórico. El primer documento en el que consta la existencia del mismo data de 1650. En dicho documento se nos informa de una decisión adoptada por el alcalde Martín de Imaz, los regidores Juan de Barandiaran y Juan de Auzmendi y el síndico Juan de Auzmendi; en concreto, decidieron la realización del inventario de los papeles y objetos que se encontraban en el archivo de Ataun. Como desparecieron numerosos documentos y objetos, manifestaron la conveniencia de tener debidamente organizado el archivo, para futuros “negocios y disputas” (“negozio eta okasiotan”). El archivo se encontraba guardado en un baúl de la sacristía de la iglesia parroquial de San Martín, bajo tres llaves, y las llaves se encontraban en manos de las autoridades del Ayuntamiento de Ataun. Cuando se renovaban los cargos del alcalde y los regidores, los objetos, los documentos, los inventarios y las llaves del archivo se les entregaban a las nuevas autoridades. Esa era la práctica en el siglo XVIII, así como en el siglo XIX.
El archivo se ha agrandado paralelamente al desarrollo del municipio de Ataun, y cada época ha tenido su propio inventario. En la mayoría de los inventarios, sin embargo, falta alguna que otra hoja.
Puede que el inventario más interesante sea el elaborado por Juan Arin, en las primeras décadas del siglo XX. En total, contabilizó 744 documentos. Al parecer, fue Joxemiel Barandiaran quien le recomendó llevar a cabo la tarea, al objeto de que referenciara las citas de los documentos que investigó para su investigación acerca de Don Juan Txiki.
A finales del siglo XX —para entonces el archivo se encontraba en el coro de la iglesia de San Martín—, el Ayuntamiento de Ataun realizó un esfuerzo especial para inventariar y arreglar el archivo. El inventario general se llevó a cabo en la década de los 80, de la mano de Patxi Etxeberria y Josune Zaldua. En la década de los 90, Patxi Etxeberria, Maite Segurola, Iñaki Imaz y Iñake Barandiaran realizaron diversas tareas.
En el año 2005, gracias a un acuerdo entre el Ayuntamiento de Ataun y el Obispado de San Sebastián, el archivo se catalogó y se digitalizó, bajo la dirección de José Angel Garro. Para ello, el archivo se llevó al Archivo Histórico Diocesano de San Sebastián. Mediante una carta otorgada el 30 de Noviembre de 2006, el Obispo Juan Maria Uriarte concedió la titularidad del archivo al Ayuntamiento de Ataun. Por último, el 4 de Mayo de 2007 el archivo se trajo al Ayuntamiento de Ataun.
